La Villa fu costruita nel 1750 per volere del cardinale mantovano Silvio Valenti Gonzaga, segretario di Stato di Papa Benedetto XIV. L’ideazione e la progettazione dell’edificio si ritiene possa essere di natura corale, opera di diversi architetti come Paolo Posi, Jacques-Philippe Mareschal e Giovanni Paolo Pannini, nonché il capomastro Paolo Rossi, l’abate esperto uomo di scienze Lewis Wood e l’architetto Giuseppe Pannini, figlio del pittore Giovanni Paolo.

La Villa svetta al centro di un grande giardino ed è caratterizzata esternamente da una sorta di compostezza espressiva visibile nella linearità e semplicità formale e decorativa, distante dal gusto tardo-barocco allora in voga nella città, ma in anticipo sulle soluzioni neo-rinascimentali adottate nella successiva epoca del neo-classicismo. All’epoca del cardinal Valenti Gonzaga la Villa era uno scrigno di capolavori dell’arte, frequentato da eminenti personaggi della cultura artistica e scientifica del tempo. Gli interni del piano terra e del piano nobile erano decorati da parati provenienti dalla Cina, dipinti, porcellane, oggetti orientali, ma anche scientifici e meccanici, conferendone l’aspetto di una preziosissima wunderkammer. Un tavolo meccanico, che saliva imbandito dalle cucine alla sala da pranzo mediante un elaborato meccanismo, stupiva gli ospiti del cardinale. Il giardino che circonda la Villa era arricchito da fontane e piante esotiche.

Amante dell’arte, Valenti Gonzaga arrivò a possedere una collezione di oltre ottocento pezzi. In un dipinto del 1740, l’artista Giovanni Paolo Pannini ritrae una galleria immaginaria in cui compaiono centocinquanta opere realmente appartenute al cardinale e, nella parte sinistra della tela, alcuni personaggi che studiano proprio la pianta della Villa, allora in fase di progettazione.

Alla morte del cardinale, la Villa fu acquistata prima dalla famiglia Sciarra Colonna e successivamente, nel 1816, da Paolina Bonaparte, sorella di Napoleone e sposa del principe Camillo Borghese. Fu per volere di Paolina che si attuò il grande lavoro di restauro della Villa, nonché il rinnovamento della decorazione interna secondo lo stile Impero. Oggi possiamo ammirare la Villa così come Paolina Bonaparte la volle trasformare.

Quando le truppe del Regno d’Italia aprirono la “Breccia di Porta Pia”, il 20 settembre 1870, entrarono a Roma proprio attraverso il giardino di Villa Bonaparte.

Dal 1950 la Villa ospita l’Ambasciata di Francia presso la Santa Sede.

Il percorso di visita si snoda tra il grande salone al piano nobile, adornato dalle muse monumentali che svettano in chiaro scuro sullo sfondo decorato con motivi architettonici, la stanza egizia, decorata in onore delle campagne militari in Egitto di Napoleone, la cappella con stucchi di epoca settecentesca, la sala da pranzo, arricchita da opere pittoriche del Seicento francese provenienti dal Museo del Louvre, nonché la loggia al piano nobile caratterizzata da un soffitto decorato con un magnifico pergolato che richiama e rimanda al lussureggiante giardino che circonda la Villa.